組合の意思決定や業務の執行を行うための組織は、総会、理事会、役員等の機関が定められているほか、必要によって委員会などの任意機関を設けることもできます。一般的な組織は次のようなものです。

総会は、組合運営等に関する基本的事項を決定し、その総会の決定に基づき、理事会が業務の執行を決定します。そして、理事会の決定に基づいて代表理事が事務局を使って業務を執行します。
また、監事は、決算書類などについて会計監査をします。
なお、任意機関である委員会・部会は、理事会等の諮問機関として理事会等が業務方針等を決定する際の参考意見を提供します。また、専務理事・常務理事は、代表理事の業務執行を補佐し、常務を行います。

総会（総代会）

総会は、組合員全員で構成し、組合の基本的事項を決定する組合の最高の意思決定機関です。また、総会の決定事項は、理事の業務遂行や組合員をすべて拘束しますので、組合の機関のなかでは最高の機関でもあります。
組合は、組合の活動が直ちに組合員の事業に結びついていますので、組合活動の最高の意思を決定する総会の決議は、組合員の利害に直接影響します。したがって、総会の運営は、形式的な審議にならないよう、十分議論を尽くすとともに、相互の意思疎通を図るよう努める必要があります。
総会の種類には、通常総会と臨時総会とがあります。通常総会は、毎事業年度1回定期に開催し、決算関係書類の承認を行うよう義務付けられており、通常、事業年度終了後2ヶ月以内に開催し、事業計画・収支予算の設定等についても議決しています。臨時総会は、何時でも必要があれば開催できるもので、その招集手続きや運営等は通常総会の場合と同様です。

1.総会の権限

総会は、組合員全員で構成し、組合の意思を決定する機関ですから、すべてのことを決定（決議）しても良いわlナですが、しばしば総会を開催するわけにはいきませんので、具体的な業務遂行の決定は理事会に委ね、基本的な事項についてのみ決定しています。
具体的な総会の議決事項は、法律によって定められている事項（法廷議決事項）と、定款によって任意に定める事項（任意議決事項）とがありますが、主なものは次のとおりです。

（法定議決事項）
　イ.定款の変更
　□.規約の設定・変更
　八.事業計画・収支予算の設定・変更
　二.経費の賦課・徴収方法
　ホ.組合員の除名
　へ.役員の選挙
　卜.役員の解任
　チ.決算関係書類の承認
　リ.解散・合併の承認
　ヌ.組織変更計画書の承認
　ル.出資一口の金額の減少の決定

（任意議決事項）
　イ.取引金融機関
　口.借入金の最高限度
　八.1組合員に対する貸付金・債務保証額の最高限度
　二.加入金の額
　ホ.手数料・使用料の率・額
　へ.その他、理事会で必要と認める事項

2.総会の開催および運営方法

総会の開催手続きや議決方法などは、法律に種々定められており、法律や定款に定められた方法によって行わなければなりません。
まず、総会の招集は、会日の10日前までに日時、場所及び会議の目的（議案）を組合員に通知して行なわなくてはなりませんが、通常、代表理事が理事会の議を経て招集します。
議案の議決方法は、通常は出席者の過半数で決します（普通議決）が、定款の変更など組織の基本に触れるような重要事項は、組合員の半数以上が出席し、その3分の2以上の多数で決します（特別議決）。なお、協業組合の場合は、全員が出席し全員の同意によって決議する事項もあります。
なお、総会では、招集通知で予め知らせた議案について審議します。ただし、定款で定めれば、緊急議案についても議決できますが、この場合は代理人は議決に加われません。
また、総会が終了した時は、議事録を作成し、保管する必要があります。

理事会

組合の管理・運営等の基本的事項は総会で決定しますが、具体的な業務の執行の決定は、理事会が担当します。
理事会は、理事全員で構成し、総会で決定されなければならない事項を除いて、業務に関する一切の事項を決定する権限をもっています。
また、理事会で決定した業務を実際に行うのは代表理事ですが、代表理事が理事会の決定の通り正しく業務を遂行しているかどうかを監視することも、他の理事の重要な役割の1つとなっています。

1.理事会の議決事頂

理事会は、総会の権限以外の業務に関する一切のことを決定する権限をもっていますが、理事会の議決事項としては、次のようなものがあります。
　イ.総会において決定した業務の執行と執行細目の決定
　□.総会の招集と総会への提出議案の決定
　八.代表理事の選任（副理事長、専務理事等の選任を含む。）
　二.組合員の加入の承認（協業組合の場合は、総会付議事項）
　ホ.持分譲渡の承認（協業組合の場合は、総会付議事項）
　へ.理事の自己契約の承認
　卜.委員会など理事会の諮問機関等の承認
　チ.参事・会計主任の選任・解任
　り.その他

2.理事会の開催及び議事運営

理事会は、必要に応じ何回でも開催できます。理事会の招集は、原則として会日の1週間前までに全理事に通知しますが、全理事の同意がある場合は、この招集手続きを省略することができます。また、招集は通常、代表理事が行います。
理事会は、理事の過半数の出席によって成立し、その議事は、出席者の過半数の賛否によって決します。なお、理事会の場合、理事は書面によって議決に加わることが認められますが、代理人の出席は認められません。
また、理事会の議長は、総会の場合と異なり、議決に加わることはできますが、可否同数の場合の決定権はありません。（可否同数の場合は、その議案は否決されたことになります。）
なお、理事が議案と利害関係をもっている場合は、その理事は議決に加われません。
理事会が終了したときは、議事録を作成し、保管する必要があります。