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中小企業者の組合である事業協同組合や商工組合などの組合に対しては、組織化促進のために次のような優遇措置がとられています。
(1) 法人税率が所得額にかかわらず22％に軽減される（企業組合・協業組合を除く。以下について同じ。）
(2) 事業利用分量配当の損金算入が認められる
(3) 加入金の益金不算入が認められる
(4) 組合が所得を留保した場合
組合が所得を留保した場合に、累積留保額が出資総額の４分の１に達するまでは、毎事業年度の留保所得の 100分の32（出資金額１億円超の組合で利益積立金額が
2、500万円を超える留保所得部分については 100分の20、１億円を超える留保所得部分については 100分の14、２億円を超える留保所得部分については
100分の10）を損金算入することができる（事業協同組合、事業協同小組合、出資商工組合、出資環境衛生同業組合及びそれらの連合会（出資金が１億円を超える組合は、設立後５年以内の事業年度に限る）に限る）
(5) 貸倒引当金の特例
企業組合、協業組合を除く協同組合等は、法定繰入限度額の16％増しの繰入れができます。
(6) 法人税の中間申告書の提出が不要
(7) 出資証券、貯金及び預金の各通帳、受取書などに対する印紙税が非課税
(8) 組合の根拠法に基づく登記に対する登録免許税が非課税
(9) 非出資組合の非収益事業から生じた所得について、法人税、事業税などが非課税
(10)事業税の税率が軽減
(11)一定の共同施設に対する不動産取得税、固定資産税が非課税
なお、このほか、次項に紹介するように、組合によらなければ適用されない特別措置があります。
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